Фамилия Бонадысенко с большой вероятностью восходит к итальянской основе, что делает её необычной для восточнославянского ареала. Исходным, по всей видимости, является итальянское имя или прозвище Бонадис (Бонадиес), которое образовано от двух латинских слов: bona — «хороший» и dies — «день». То есть буквально Бонадис означает «добрый день» или «хороший день». Такие имена-пожелания были распространены в средневековой Европе, их давали ребёнку как благословение.

Наибольший интерес представляет суффикс -енко, который фамилия получила уже на украинской почве. Это типичный украинский патронимический суффикс, указывающий на происхождение от отца: «чей?» — Бонадысенко, то есть «сын Бонадыса». Таким образом, перед нами гибридная модель: западноевропейский корень соединился с восточнославянским способом оформления фамилий.

География фамилии подтверждает эту версию: Бонадысенко действительно встречается на Украине заметно чаще, чем в России или Беларуси. Это позволяет предположить, что носитель итальянского имени Бонадис (возможно, итальянский еврей, поскольку фамилия бытует и в еврейской среде) оказался на украинских землях, где его потомки адаптировали фамилию к местной языковой традиции, добавив суффикс -енко.

Фонетический переход от «Бонадис» к «Бонадыс» (с твёрдым «ы» вместо мягкого «и») — естественная адаптация под украинское произношение, где звук [и] в заимствованиях часто переходит в [ы] или твёрдый [і]. Так итальянское звучание уступило место привычному для славянского уха.

Спорных версий происхождения практически нет: альтернатива в виде славянского корня «бонда» (от немецкого «бондарь» — бондарь, бочар) маловероятна, так как в таком случае фамилия звучала бы как Бондаренко или Бондысенко, без характерного «а» в середине. Итальянский след остаётся наиболее убедительным.