Фамилия Бондакова — женская форма, а мужской вариант Бондаков. В основе лежит слово «бондарь» (бочар, кадушечник) — ремесленник, который делал бочки, кадки и другую деревянную тару. На Руси бондари были нужны везде: в солеварнях, винокурнях, на рыбных промыслах и в крестьянском хозяйстве. Фамилия, таким образом, профессиональная, и предок носителя точно занимался этим делом.

Модель образования — типичная для русских фамилий: к основе «Бондак» (южнорусский или украинский вариант слова «бондарь» с усечением) добавили суффикс -ов. Вариант Бондаренко, например, пошёл от той же основы, но с украинским суффиксом -енко, а Бондарев — от полной формы «бондарь» с суффиксом -ев. Бондаков встречается реже, чем Бондарев, и чаще привязан к южным и центральным губерниям России, где говорили «бондак» вместо «бондарь».

Есть и другая, менее вероятная версия: от прозвища Бондак, которое давали не только ремесленнику, но и человеку с крепким телосложением или упрямым нравом — бочка ассоциировалась с прочностью и плотностью. Однако в ономастике принято считать, что профессиональные фамилии с прозрачной этимологией редко переосмысляются в метафорическом ключе без прямых указаний в источниках.

В документах фамилия фиксируется с XVII века: в переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди Бондаковы из Курской, Воронежской и Тамбовской губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно крестьянская или мещанская среда, где ремесло передавалось по наследству.