Фамилия Бондаенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которые в XVII–XVIII веках массово закрепились на Левобережной Украине и в Слобожанщине. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «маленький» или «сын»: Бондаенко — буквально «сын Бондаря» или «маленький Бондарь». Основа здесь та же, что в украинском слове «бондар» — ремесленник, изготавливающий бочки, кадки и другую деревянную тару. На русский лад это слово звучит как «бондарь», и фамилия Бондаренко — одна из самых распространённых на Украине. Бондаенко — её фонетический вариант, где корень «бондар-» перешёл в «бонда-» с характерным смягчением.

В украинских говорах встречается форма «бонда» как сокращение от «бондар», и именно от неё могла пойти фамилия Бондаенко. Такой переход не редкость: например, от «гончар» — Гончаренко, а от «гонча» — Гончаенко. Географически фамилия Бондаенко чаще всего фиксируется в Черниговской, Сумской и Полтавской областях, а также среди переселенцев на Кубани и в Ставрополье, куда украинские крестьяне активно мигрировали в XIX веке. В отличие от Бондаренко, эта форма менее распространена, но сохраняет ту же профессиональную основу: предки носителя фамилии почти наверняка занимались бондарством — ремеслом, которое в аграрной Украине было востребовано повсеместно, ведь кадки и бочки нужны были и для солений, и для зерна, и для мёда.

Интересно, что фамилия Бондаенко могла возникнуть и как патроним от прозвища Бондай — так в некоторых регионах называли не просто бондаря, а мастера с особым говором или манерой работы. Универсального словаря, который бы однозначно разводил все версии, нет, но ономасты (в частности, ссылаясь на работы Ю. Редько и М. Худаша) сходятся в том, что все фамилии на -енко с корнем «бонд-» восходят к бондарскому делу. Таким образом, Бондаенко — не искажение и не ошибка, а естественная региональная разновидность, которая говорит о происхождении из среды украинских ремесленников, осевших в определённых уездах.