Фамилия Бондикова — женская форма от Бондиков, и в ней сразу бросается в глаза суффикс -ик-. В русской фамильной модели это редкий гость: обычно фамилии образуют от имен и прозвищ с помощью -ов/-ев или -ин, а -ик чаще встречается в украинской и белорусской традиции (как Бондаренко или Шевчик). Здесь же -ик- мог войти в основу ещё до того, как фамилия получила русский суффикс -ов. То есть исходное прозвище звучало как Бондик — человек с какой-то характерной чертой, связанной с корнем «бонд».

Корень «бонд» многозначен. Самая прямая версия — от немецкого или скандинавского «Bond» (крестьянин, хозяин, свободный земледелец). В России это слово прижилось через балтийских немцев или через шведское влияние на севере: в Новгородской и Псковской губерниях встречались фамилии Бондин, Бондарев, Бондиков. Прозвище Бондик могли дать пришлому человеку немецкого происхождения или крепкому хозяину-землепашцу. Вторая версия — от диалектного «бонда» (толстый, плотный, крепыш) или от глагола «бондить» (медлить, возиться). Тогда Бондик — прозвище медлительного или коренастого человека.

Географически фамилия Бондиков (и Бондикова) тяготеет к северо-западу России: Ленинградская, Псковская, Новгородская области, а также к Вологодчине. Там же фиксируются однокоренные Бондарев, Бондин, Бондюков. В центральных черноземных областях фамилия редка.

В дореволюционных метрических книгах Бондиковы встречаются среди государственных крестьян и мещан — сословий, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений. Дворянских родов с такой фамилией нет. Современные носительницы фамилии Бондикова могут с равной вероятностью иметь предков-крестьян из-под Пскова или мещан из Петербурга, а исходное прозвище их пращура скорее всего указывало либо на происхождение, либо на внешность.