Фамилия Бондиковы относится к распространённому типу русских фамилий, образованных от личного прозвища. В основе фамилии лежит прозвище Бондик, и здесь возможны две версии его происхождения. Первая, наиболее правдоподобная, отсылает к архангельскому диалектному слову «бонда» — так называли деревянный звонок или глухой колокольчик из железного или медного листа, который вешали на шею скотине. Следовательно, прозвище Бондик мог получить пастух или его сын: либо по роду занятий, либо потому, что сам ходил с таким колокольчиком. Это объяснение связывает фамилию с северными говорами и конкретным ремеслом, что делает её ценным свидетельством быта и хозяйства тех мест.

Вторая версия менее убедительна, но тоже имеет хождение: Бондик — уменьшительная форма от прозвища Бондарь. Бондарями на Руси называли бочаров, то есть ремесленников, делавших бочки. По этой гипотезе, Бондарь был главным мастером, а Бондиком называли его помощника или ученика. Таким образом, потомок человека по прозвищу Бондик со временем стал носить фамилию Бондиков. О точном времени и месте возникновения этой фамилии говорить сложно — процесс формирования русских фамилий был долгим и растянулся на несколько столетий. Тем не менее, фамилия Бондиков остаётся любопытным памятником славянской письменности и культуры, сохранившим в себе память о старых промыслах и диалектных словах.