Фамилия Бондючный — редкий случай, когда географическое прозвище почти наверняка перевесило прозвище по занятию. Если смотреть на суффикс, то -ный (в мужском роде -ный) в русских фамилиях чаще всего указывает на признак: «тот, кто связан с чем-то» или «тот, кто откуда-то». В данном случае основа «Бондюк» или «Бондючка» — это не профессия, а имя собственное, скорее всего, название населённого пункта.

Наиболее вероятная версия: предок носителя фамилии был выходцем из села или хутора с названием Бондюк или Бондюки. Такие топонимы встречаются на юге России и в Украине, особенно в бывших казачьих областях. Слово «бондюк» в местных говорах могло означать «толстяк», «увалень» или «неповоротливый человек» — от тюркского «бондук» (орех, шишка) или славянского диалектного «бонда» (бочка). Человек, получивший прозвище Бондюк, мог быть крупным, полным или медлительным. Но фамилия образована не от прозвища напрямую, а от названия места, где жили такие люди — «бондючные» (жители Бондюков).

Модель образования проста: основа «Бондюк» + суффикс -н- + окончание -ый. По сути, это притяжательное прилагательное, которое закрепилось за семьёй. В украинской традиции фамилии на -ный встречаются реже, чем на -енко или -ук, поэтому Бондючный — скорее русский или обрусевший вариант. В польском языке похожая форма «Bondziuczny» могла бы означать «принадлежащий Бондюку», но для русской фамилии типичнее именно топонимическое происхождение.

Других версий немного. Можно было бы предположить связь с «бондарь» (бочар) через диалектное «бондюк» — маленькая бочка, но тогда фамилия звучала бы как Бондарный или Бондарчук. Суффикс -ный в профессиональных фамилиях редок: обычно это -ов или -ин. Поэтому версия с переселенцем из Бондюков выглядит убедительнее.

Социальный контекст: фамилия Бондючный недворянская, не купеческая. Она из крестьянской или казачьей среды, где прозвища по месту жительства были нормой. Носители такой фамилии, скорее всего, были однодворцами или государственными крестьянами южных губерний. Встречается фамилия и сегодня, но крайне редко — в основном в Ростовской области, Краснодарском крае и на востоке Украины. Никаких знаменитых Бондючных в истории не зафиксировано, что только подтверждает её «народный», локальный характер.