Фамилия Бонковская — женская форма фамилии Бонковский, а та, в свою очередь, образована по польской или западнорусской модели с суффиксом -овск-/-евск-. Её основа — Бонк- или Бонек- — указывает на географическое происхождение. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из населённого пункта с названием Бонки, Бонково или Бонкув. Такие топонимы встречаются в Польше, Беларуси и на западе Украины — например, деревни Бонки в Люблинском воеводстве или Бонкув в Мазовецком.

Корень «бонк» может восходить к польскому bąk — «шмель», «овод», или к диалектному «бона» — «госпожа», «барыня». В первом случае прозвище Бонек мог получить человек с гудящим голосом или назойливый, во втором — происхождение от имени-прозвища Бона (уменьшительное от Бонифаций или Богдан). Но для фамилии на -ский более вероятна топонимическая версия: такие фамилии в шляхетской среде часто означали владение или место жительства.

По сословной принадлежности Бонковские — это типичная «шляхетская» фамилия, распространённая в Речи Посполитой. После разделов Польши многие носители оказались на территории Российской империи, где фамилия могла русифицироваться или сохранить польское написание. Встречается она и среди православных, и среди католиков — в зависимости от региона.

В современной России фамилия редкая, сосредоточена в западных областях и крупных городах. Если вы носите фамилию Бонковская, ваши предки с высокой вероятностью происходят из западных губерний — бывших земель Речи Посполитой, а сама фамилия хранит память о небольшом селе или хуторе, от которого и пошёл род.