Фамилия Бонковская — это классический пример фамилии, образованной от географического названия. Её основа — польский топоним Бонково (Bąkowo). В Польше действительно существует несколько сельских округов с таким названием, например, в гмине Выжиск и в гмине Варлюбе. Человек, получивший фамилию, скорее всего, был выходцем из одного из этих мест или владел там землёй. Типичный суффикс -ский (польск. -ski) в таких фамилиях изначально указывал на дворянское происхождение или принадлежность к шляхте, хотя со временем эта модель распространилась и на другие сословия.

Корень же самого названия Бонково — это польское слово bąk, что значит «шмель», «овод» или «слепень». В переносном смысле так могли прозвать суетливого, назойливого человека или же, наоборот, того, кто любит пошуметь, как насекомое. Однако в случае с фамилией Бонковский это прозвище почти наверняка относится не к человеку, а к самому месту: Бонково — это буквально «место, где много шмелей» или, что ещё вероятнее, владение человека по прозвищу Бонк (Bąk).

Модель образования здесь прозрачна: от личного прозвища или названия деревни Бонк- добавлен патронимический суффикс -ов- (указывающий на принадлежность), а затем уже типичный для польской шляхты суффикс -ский. Получается цепочка: Бонк → Бонково (село) → Бонковский (человек из этого села). По сути, это полонизированный вариант фамилии, которая по-русски звучала бы как Бонков, а по-белорусски — Банкоўскі.

В написании фамилии встречаются варианты: Бонковский и Бонковски (без окончания -й). Первый вариант — русифицированная форма, второй — прямая передача польского Bąkowski с твёрдым окончанием. В русском языке закрепилась форма с -ий, но в старых метрических книгах можно встретить оба написания, что нередко путает исследователей генеалогии.