Фамилия Боньковский — типичная польская или западноукраинская фамилия с суффиксом -ский, который в восточнославянской традиции указывает на дворянское или шляхетское происхождение, хотя со временем такие фамилии распространились и среди крестьян. Основа фамилии — топоним Боньково или Боньковице: так назывались села и усадьбы в Польше (например, в Люблинском или Подкарпатском воеводствах). Человек, получивший фамилию Боньковский, скорее всего, был выходцем из такого места — владельцем или жителем Бонькова.

Корень «Бонь-» может восходить к старому польскому имени Бонь (Boń), сокращённой форме от Бонифаций (Bonifacy) или от прозвища «бонь» — что-то вроде «добрый», «хороший» (от латинского bonus). Вторая версия, менее вероятная, — связь с глаголом «бониць» в диалектах, означавшим «говорить в нос» или «мычать», но для фамилии на -ский такое прозвище маловероятно: суффикс -ский обычно привязывал человека к месту, а не к личной черте.

В Российской империи фамилия Боньковский встречалась в Волынской, Подольской и Киевской губерниях — на землях, где жила польская шляхта после разделов Речи Посполитой. Носители фамилии могли быть обедневшими дворянами или однодворцами, сохранившими фамильный суффикс как знак сословной памяти. В современной России фамилия редкая, чаще попадается в западных областях (Брянская, Смоленская) и у потомков переселенцев с Украины.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Бонько, Боньков, Боняк. Если Бонько и Боньков — украинские и белорусские варианты без шляхетского суффикса, то Боньковский чётко указывает на польский или полонизированный род. Ударение в фамилии, судя по типовой модели, падает на второй слог: Бонько́вский.