Фамилия Бонькина — женская форма, исходная мужская — Бонькин. В основе лежит имя или прозвище Бонька. О происхождении этого корня есть несколько версий, и ни одна из них не является бесспорной, что делает фамилию интересной для разбора.

Первая и наиболее вероятная версия связывает Боньку с еврейским именем Биньямин (Беньямин). Биньямин означает «любимый сын», а в буквальном прочтении — «сын правой руки». В русской среде это имя часто сокращали до Боня или Бонька, откуда и пошла фамилия. В пользу этой версии говорит распространённость подобных «усечённых» форм у еврейского населения на территории Российской империи.

Вторая версия, тоже из еврейской традиции, выводит Боньку от редкого имени Бэн-ами («сын моего народа»). В Танахе так звали одного из сыновей Лота. Однако это имя встречалось гораздо реже, чем Биньямин, поэтому данное объяснение менее распространено.

Третья версия — славянская. Она предполагает, что Бонька — это сокращение от имени Бонифатий (в церковнославянской форме Вонифатий, в народной — Бонифат). Имя латинского происхождения, означает «благотворный, благотворящий». У христиан почитается святитель Вонифатий Милостивый, память которого приходится на 1 января (19 декабря по старому стилю). В этой версии фамилия Бонькина оказывается связана с народной формой календарного имени, что типично для русских фамилий.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Бонькин — это «сын Боньки» или «человек из семьи Боньки». Фамилия могла возникнуть в среде как еврейского, так и славянского населения, и точный ответ зависит от того, какое имя носил конкретный предок.