Фамилия Бонькин образована по русской модели от прозвища или имени Бонька. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бонькин — «сын Боньки» или «человек из семьи Боньки».

Самое имя Бонька — спорное по происхождению, и здесь есть несколько версий. Основная и наиболее вероятная: Бонька — это краткая, уменьшительная форма еврейского мужского имени Биньямин. В переводе с иврита Биньямин означает «сын правой руки», а в более свободном толковании — «любимый сын». Если эта версия верна, то фамилия Бонькин — это русифицированная форма еврейской фамилии, адаптированная через добавление типичного русского суффикса.

Вторая версия, менее распространённая, связывает Боньку с редким еврейским именем Бэн-ами, что значит «сын моего народа». В Библии это имя носил один из сыновей Лота. Однако в бытовой речи такое имя вряд ли давало столь привычную для русского уха уменьшительную форму.

Третья версия выводит Боньку из христианского имени Бонифатий (в славянской традиции — Вонифатий, Бонифат). Латинское Bonifatius означает «благотворный, благотворящий». Покровитель этого имени — святитель Вонифатий Милостивый, чья память отмечается 1 января (19 декабря по старому стилю). Эта версия объясняет, почему фамилия встречается у славян, но её слабость в том, что имя Бонифатий никогда не было в России массовым, а краткая форма Бонька для него нехарактерна — обычно его сокращали как Боня или Фатя.

Скорее всего, перед нами фамилия еврейского происхождения, которая при переходе в русскую среду получила суффикс -ин, типичный для фамилий от имён на -а. Она стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Абрамкин, Хаимкин, Израилькин, но в отличие от них сохранила необычный конечный согласный в корне.