Вероятно, фамилия Бонькин образована от имени Бонька. Скорее всего, оно является краткой формой популярного еврейского мужского имени Биньямин, которое в переводе означает «любимый сын» (буквально - «сын правой руки»). Также не исключено, что Бонька — это форма редкого еврейского имени Бэн-ами - «сын моего народа». Это имя носил сын Лота. Наконец, возможно, что Бонька — это производная форма имени Бонифатий (Вонифатий, Бонифат), встречавшегося преимущественно у славян. Оно в переводе с латинского означает «благотворный, благотворящий». Покровителем этого имени считается святитель Вонифатий Милостивый, память которого отмечается христианами 1 января (19 декабря).