Фамилия Бонкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка звучало неласково. В отличие от большинства «птичьих» или «профессиональных» фамилий, эта ведёт происхождение от слова «бонка». В русских говорах так называли бранчливую, сварливую женщину, крикунью. Если же речь шла о мужчине, то «бонкой» могли прозвать задиру или того, кто постоянно ворчит.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе на -а, -я. «Чей сын?» — Бонкин, то есть сын Бонки. Такая форма закрепилась в XV–XVII веках, когда прозвища отца переходили к детям как фамилии. Исходное прозвище Бонка мог получить как сам родоначальник за свой неуживчивый характер, так и его жена, если её так дразнили соседи. В крестьянской среде подобные прозвища не считались оскорбительными — они работали как точная характеристика.

Есть и более прозаичная версия, которую поддерживает словарь Б. Унбегауна. В некоторых диалектах «бонка» означала небольшой сосуд, бочонок или кадку. Тогда прозвище могло достаться бондарю — мастеру по изготовлению бочек. Но эта гипотеза слабее: для бондаря существовало прямое прозвище Бондарь, а Бонка — скорее уменьшительная форма от него, что маловероятно для ремесленного обозначения.

Фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в бывшей Вологодской и Костромской губерниях. Там и сейчас можно найти носителей Бонкиных, хотя фамилия остаётся довольно редкой. Никакого отношения к созвучным «боннам» или иностранным корням она не имеет — это чисто русское прозвище, записанное по отчеству.