Фамилия Бонь — одна из тех, где за коротким звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. Самая распространённая версия связывает её с нарицательным «бон» (в украинском языке — «бони»). Слово это заимствовано из голландского («beun»), а в словаре Даля «бон» означает заставу или запор для временной задержки — будь то шлагбаум из поперечного бревна на дороге или плавучее заграждение на воде. Если принять эту версию, прозвище Бонь относилось к так называемым профессиональным именованиям: предок мог быть стражником, следившим за шлагбаумом, или моряком, имевшим дело с заграждениями на реках.

Вторая гипотеза выводит фамилию из искусственного, «кабинетного» происхождения — от латинского bonus, то есть «хороший». Такие фамилии нередко давали в семинариях, но для Бонь это скорее предположение, чем установленный факт.

Третья версия — самая антропонимическая: Бонь могла быть производной, сокращённой формой крестильного имени Бонифатий (в церковнославянской форме — Вонифатий, Бонифат). Имя переводится с латыни как «благотворный, благотворящий», а его небесным покровителем считается святитель Вонифатий Милостивый (память 1 января по новому стилю). В народе сложные и длинные имена часто урезали до простых и звучных форм — Бонь отсюда вполне естественна.

Важно, что фамилия встречается в основном в западных областях Украины и Беларуси, что поддерживает первую версию с украинским «бони» и голландским заимствованием. Суффикса в фамилии нет — она образована напрямую от прозвища или имени без дополнительных формантов, что типично для древних пластов фамилий. Какой бы из трёх путей ни был верным, все они ведут к одному: фамилия Бонь короткая, но корни у неё глубокие и неочевидные.