Фамилия Ботонькина хранит память о прозвище дальнего предка. В её основе лежит слово «ботать» — глагол с богатой историей, означавший «шуметь, стучать, бить». От него образовалось прозвище Ботанька. Так могли назвать человека, который производил много шума при ходьбе, или ремесленника, чья работа была слышна за версту: бондаря, кузнеца, плотника.

Но у «ботать» есть и более узкие, профессиональные значения. В северных и центральных губерниях боталом называли шест с колокольчиком, которым загоняли рыбу в сети. Соответственно, ботальщик или ботанька — это рыбак. В крестьянском быту «ботать» могло означать и взбивание масла в маслобойке — работа ритмичная, с глухими ударами. Так что прозвище могло закрепиться за маслоделом.

Форма Ботонькина, а не Ботанькина, — результат «оканья», то есть произносительной нормы, свойственной говорам севера и части средней полосы России. Там безударный «а» произносили как «о». Поэтому фамилия географически привязана к этим регионам: потомки Ботаньки из-под Вологды, Архангельска или Костромы скорее всего стали Ботонькиными. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ботонькин, то есть сын, внук или человек из семьи Ботоньки.

Фамилия редкая, не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов. Её носители, скорее всего, происходят из крестьян или посадских людей — тех, кто кормился ремеслом, рыбной ловлей или работой по дому. В современных справочниках фамилия Ботонькина встречается эпизодически, но именно редкость делает её ценным ключом к локальной истории семьи.