Фамилия Ботонькины — редкий пример того, как звучание прозвища изменилось под влиянием местного говора, а затем закрепилось в фамилии. В её основе лежит прозвище Ботанька, которое образовали от глагола «ботать». В разных диалектах этот глагол означал шумные действия: стучать, хлопать, колотить. Ботанькой могли назвать человека, который громко ходил, стучал каблуками, или же того, кто работал с шумом — например, взбивал масло мутовкой, загонял рыбу в сети шестом (боталом) или бил в колокол. По сути, прозвище давали любому ремесленнику, чья работа сопровождалась стуком.

Ключевая особенность этой фамилии — переход гласного «а» в «о» в корне: Ботанька стал Ботонькой. Это типично для «окающих» говоров, распространённых в северных и центральных областях России (Владимирская, Ярославская, Костромская, Вологодская губернии). Именно там прозвище произносили как «Ботонька», а на письме и в официальных документах закрепили вариант с «о». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ботонькины — это «дети, потомки Ботоньки».

Фамилия очень редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских или купеческих родов, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предки Ботонькиных жили в одной из северных или центральных губерний и занимались ремеслом или промыслом, где «ботали» — шумели, стучали, загоняли рыбу. Точное место и время возникновения фамилии можно установить только через глубокие генеалогические изыскания, но её словообразовательная модель и диалектная основа говорят о том, что перед нами подлинный памятник народной речи, сохранивший звучание старого прозвища.