Фамилия Ботонькин — яркий пример того, как «окающий» говор повлиял на русские фамилии. Её основа — прозвище Ботанька, которое в диалектах, где «а» после твёрдых согласных произносили как «о», превратилось в Ботоньку. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Ботонькин», то есть сын или потомок Ботоньки.

Прозвище Ботанька восходит к глаголу «ботать», который в старину имел несколько значений, объединённых идеей шума, стука или резкого движения. «Ботать» — значит бить по воде шестом (так загоняли рыбу в сети), стучать мутовкой при взбивании масла, звонить в колокол или вообще производить громкие звуки при ходьбе. Поэтому Ботанькой могли прозвать и рыбака, и маслодела, и звонаря, и просто шумного, тяжёлого на ногу человека.

Вероятно, прозвище закрепилось за конкретным человеком из-за его работы или манеры поведения. Со временем, когда «окающее» произношение стало для него основным, Ботанька превратился в Ботоньку. От этой формы и пошла фамилия Ботонькин: сначала как отчество, а затем как наследственное родовое имя.