Фамилия Ботонькин, вероятно, образована от прозвища Ботанька, которое восходит к глаголу «ботать». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Ботанька получил человек, производивший много шума при ходьбе. Так, возможно, что Ботанькой называли того, кто взбивал масло, загонял рыбу в сети или звонил в колокол. Кроме того, прозвище Ботанька мог получить любой ремесленник, шумевший, стучавший во время работы. Со временем, под влиянием «окающих» говоров, гласный «а» изменился на «о». Так и прозвище Ботанька закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Ботонькин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ботанька, со временем получил фамилию Ботонькин.