Фамилия Борчубаева — одна из тех, где корень почти наверняка тюркский, а вот суффикс указывает на русскую модель оформления. Разберём по частям.

Основа — «Борчубай». В тюркских языках, особенно в казахском, киргизском, каракалпакском, имя Борчубай (или Боршыбай) складывается из двух частей: «борчу» (борыш, борч) — «долг» или «обязанность», и «бай» — «богач, хозяин, господин». В прямом смысле имя могло означать «долговой богач» или «тот, кто богат долгами», но в кочевой среде такие имена давали с пожеланием: пусть у ребёнка будет много обязательств перед родом, то есть он станет надёжным, ответственным человеком, на которого можно положиться. Встречается и версия, что «борчу» — это искажённое «борсык» (барсук), тогда имя могло быть тотемным, но это менее вероятно.

Суффикс «-ева» — типично русский патронимический (притяжательный) формант, указывающий на принадлежность: «дочь (или жена) Борчубая». В русской традиции фамилии на «-ев» образовывали от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или «й». Таким образом, Борчубаева — это русифицированная форма тюркского родового имени.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где русское население долго и плотно контактировало с тюркским: Северный Кавказ, Нижнее Поволжье, Оренбуржье, а также Казахстан. Носительницы фамилии — почти наверняка потомки казахов, ногайцев или киргизов, чьи предки в XIX–XX веках получили русскую фамилию по отцу при переписях или при оформлении документов.

С точки зрения социального статуса, исходное имя Борчубай не было ни княжеским, ни крестьянским — это распространённое личное имя в среде скотоводов и воинов. Фамилия не указывает на дворянство или духовенство; её носители — выходцы из простых кочевых родов, сохранившие в фамилии память о конкретном предке по мужской линии.