Фамилия Бордаковский почти наверняка образована от названия населённого пункта — типичная «топонимическая» модель. Такие фамилии на -ский обычно указывали на владельческую или служилую принадлежность: тот, кто происходит из такого-то места или владеет им. В данном случае исходное название — Бордаково.

Сёл с именем Бордаково в России несколько: они встречаются в Рязанской, Ярославской и Московской областях. Но самое примечательное из них — древнее рязанское село. Именно с ним связана необычная историческая деталь: в XVI веке там поселили несколько десятков семей тюркских воинов. В документах тех лет их называли «бордаковские татары» (иногда — «рязанские татары»). Точное происхождение этих людей остаётся предметом споров, но известно, что они несли военную службу наравне с детьми боярскими Рязанского уезда. При этом в разрядных записях их всегда выделяли отдельной строкой, что говорит об особом статусе.

К концу XVI века быт бордаковских татар сильно изменился. Они жили по-русски — в обычных дворах, и больше половины из них уже носили русские имена. Однако это не обязательно означало крещение: скорее, они адаптировались к окружающей среде. Именно из этого села и пошла фамилия Бордаковский — как указание на выходца из Бордаково, принадлежавшего к этой служилой общине.

Есть и другая, менее вероятная версия. Она связывает фамилию с ашкеназской средой и прозвищем Бордак. В таком случае основа — идишское слово bord («борода» или «усы»). Прозвище могли дать обладателю пышной бороды или усов, а уже от него образовали фамилию с типичным славянским суффиксом -ский. Однако эта гипотеза слабее: географическая привязка к конкретным русским сёлам и документально зафиксированная группа «бордаковских татар» делают первую версию гораздо более убедительной.