Фамилия Боргамотов — редкий случай, когда основа слова почти наверняка не русская, а сам суффикс — типично русский, «-ов». Это значит, что перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени предка, которое в русском языке звучало как Боргамот или Боргамотый. Сразу бросается в глаза созвучие с «бергамот» — сортом груши или цитрусовым растением. Но вряд ли предка назвали в честь фрукта: в русских говорах слово «бергамот» могло означать нечто иное.

Наиболее вероятная версия ведет к тюркским корням. В татарском и башкирском языках есть слово «боргамот» или близкие к нему формы, которые могут означать «крученый», «витой», «с извилинами» или относиться к какому-то ремесленному термину. Например, в диалектах Поволжья так могли прозвать человека с кудрявыми волосами, сутулого или того, кто занимался плетением, витьем веревок. Фамилия Боргамотов с высокой вероятностью имеет тюркское происхождение и бытовала в среде крещеных татар, башкир или в смешанных русско-тюркских регионах, таких как Оренбуржье, Башкортостан или Татарстан.

Менее убедительная, но возможная гипотеза — искажение фамилии Бергамотов (от немецкого Berg — гора и Mann — человек). В таком случае предок мог быть выходцем из немецких колоний, работавшим в горах или носившим фамилию Бергман. Однако форма «Боргамотов» с буквой «о» в первом слоге типична для тюркского влияния, где гласные часто редуцируются и меняются. Носители фамилии Боргамотов сегодня встречаются крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье, что подтверждает версию о локальном, диалектном происхождении.

Суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия оформилась в среде крестьян или посадских людей, вероятно, в XVII–XIX веках, когда прозвища превращались в наследственные фамилии. Никаких документальных упоминаний о дворянском роде Боргамотовых нет — это фамилия простого сословия, где прозвище отца или деда закрепилось за потомками.