Фамилия Бородаченко образована по распространённой в украинской и южнорусской ономастике модели: к основе прозвища или мирского имени добавлялся суффикс -енко. Этот суффикс в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок», то есть Бородаченко — буквально «сын Бородача». В русских землях аналогичную роль играл суффикс -ов/-ев, тогда как -енко закрепился прежде всего на территории современной Украины и в казачьих областях.

Основа фамилии — прозвище Бородач. Его давали человеку с заметной, густой или длинной бородой. В старину борода была не просто деталью внешности, а знаком зрелости, статуса и даже сословной принадлежности: крестьяне и купцы носили бороду, а дворяне после петровских реформ нередко брились. Прозвище Бородач могло быть как нейтрально-описательным, так и указывать на уважение к обладателю — бородача нередко воспринимали как степенного, опытного человека.

Со временем прозвище Бородач, которое первоначально употребляли наряду с крестильным именем, полностью заменило его в быту и документах. Когда в XVIII–XIX веках фамилии стали фиксировать официально, потомки Бородача получили фамилию Бородаченко. Она не указывает прямо на ремесло или место жительства, а закрепляет за родом внешнюю примету предка.

Географически фамилия Бородаченко чаще всего встречается в областях, исторически связанных с украинским казачеством: Полтавская, Черниговская, Харьковская губернии, а также на Кубани и в Ставрополье, куда переселялись запорожцы. В современной России носители фамилии рассеяны, но заметная их часть по-прежнему живёт в Белгородской и Воронежской областях — на стыке великорусских и малорусских земель.

Редкий для этой фамилии момент: в отличие от распространённых Бородачёвых или Бородиных, модель на -енко сохраняет архаичную огласовку корня. Если бы фамилия оформлялась по северному или центральнорусскому образцу, она звучала бы как Бородачов. Форма Бородаченко выдаёт южное происхождение рода и, скорее всего, принадлежность к той среде, где фамилии на -енко давали не только крестьянам, но и казакам, мещанам и даже мелкопоместным дворянам.