Фамилия Бородкина образована от прозвища или нецерковного имени Бородка. В основе лежит слово «борода», но с уменьшительным суффиксом -к-, который меняет смысл. Бородкой в старину могли назвать человека с небольшой, аккуратной бородой. Однако здесь есть ироничный подтекст: так же нередко дразнили тех, у кого борода росла плохо или отсутствовала вовсе — этакий «компенсаторный» вариант прозвища.

Модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Бородки). Ударение в фамилии падает на второй слог: Боро́дкина.

Не исключено, что Бородка было не прозвищем, а мирским именем. В дохристианской и раннехристианской Руси такие имена давали с пожеланием: родители, называя сына Бородкой, желали ему в будущем иметь густую и уважаемую бороду — знак мужественности и социального статуса. Для крестьянской и купеческой среды борода была не просто деталью внешности, а маркером зрелости и достатка.

Фамилия не слишком редкая, но и не массовая. Встречается в центральных и северных областях России — там, где традиция ношения бороды сохранялась дольше и имела большее значение. Однокоренные фамилии — Бородин, Бородкин, Бородавкин — все отталкиваются от той же основы, но с разными суффиксами и оттенками значения. Бородкина стоит особняком благодаря уменьшительной форме: она звучит менее «серьёзно», чем Бородин, но именно это и могло быть её изначальным смыслом — либо ласковое прозвище, либо насмешка.