Фамилия Бородкин образована от прозвища Бородка. В старину так могли называть человека с маленькой, аккуратной бородой — в отличие от окладистой, «лопатой». Прозвище указывало на внешнюю особенность, заметную окружающим. В основе лежит уменьшительная форма слова «борода», что сразу отличает эту фамилию от, например, Бородатых или Бородиных, где корень не смягчён.

Модель образования простая: прозвище на -ка → фамилия на -кин. Суффикс -ин (в форме -кин) указывает на принадлежность: «чей?» — Бородкин, то есть сын или потомок Бородки. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где отчества на -ин были особенно распространены.

Исторические источники подтверждают древность прозвища. В работах С. Б. Веселовского упоминаются: Данило Давидович Борода Бибиков (вторая половина XV века) и Василий Иванович Борода Аничков. Хотя эти люди носили прозвище Борода, а не Бородка, они показывают, насколько распространён был этот тип именования в служилой среде. Прозвище Бородка могло принадлежать человеку невысокого роста или молодому, у которого борода ещё не отросла до полной длины.

Встречается и другая версия, менее вероятная: связь с диалектным словом «бородка» — деталь орудия труда, например, ключа или топора. Но большинство ономастов (в частности, Б. Унбегаун) сходятся на том, что русские фамилии на -кин почти всегда восходят к личным прозвищам, а не к названиям предметов. Поэтому основная версия — происхождение от внешности предка.

Фамилия нередкая, встречается в разных регионах, но чаще всего — в бывших вотчинах Новгородской земли и в Поволжье. Сословно она не закреплена: Бородкиными могли быть и крестьяне, и купцы, и духовенство.