Фамилия Бостаниду — одна из тех, что сразу выдают греческое происхождение. Ключевой маркер здесь — суффикс -иду (-ίδου), который в греческой ономастике образует фамилии по отчеству. В дословном переводе с новогреческого языка «Бостаниду» означает «дочь Бостаниса». Мужской вариант той же фамилии — Бостанидис (или Бостаниди). Такая модель (мужская на -ис/-ос, женская на -у) до сих пор жива в Греции и у понтийских греков, хотя в русской среде женскую форму часто закрепили как неизменяемую, не различая пол носителя.

Основа фамилии — слово «бостан» (μπουστάνι). В греческом, как и в турецком, оно означает «огород», «бахча», «сад». Слово это, в свою очередь, восходит к персидскому «бустан» (بوستان) — «сад, цветник». Таким образом, Бостанис — это человек, связанный с огородничеством или садоводством: либо владелец бахчи, либо наёмный работник, либо торговец овощами и фруктами. Прозвище давали по занятию, и оно закрепилось в качестве родового имени.

В России и на постсоветском пространстве фамилия Бостаниду встречается почти исключительно у потомков греческих переселенцев. Основные волны миграции пришлись на XIX — начало XX века: греки из Османской империи (понтийцы, малоазийские греки) оседали в Причерноморье, на Кубани, в Крыму, в Грузии. Позже, в советское время, носители фамилии могли переезжать в центральные регионы. Поэтому географически фамилия привязана к югу России и Северному Кавказу, а не к какой-то одной губернии.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком среди привычных русских -ов и -ин. Она не прошла русификацию — её не переделали в «Бостанов» или «Бостанин». Это говорит о том, что греческая община сохраняла свою идентичность, а паспортные записи фиксировали фамилию в исходном, «женском» варианте. Сейчас Бостаниду — редкая фамилия, её носителей в России, по открытым данным, не более нескольких сотен человек. Других версий происхождения, кроме греческой, у этой фамилии нет — корень прозрачен, суффикс однозначен.