Фамилия Ботакараева — редкая и яркая по звучанию. Её основа — тюркское составное имя или прозвище. Разбираем слово по частям: «бота» в тюркских языках (казахском, киргизском, ногайском) означает «верблюжонок», а «кара» — «чёрный», «темный», а в переносном смысле «могучий», «грозный», «великий». Получается «чёрный верблюжонок» или «могучий верблюжонок». Такое прозвище могли дать смуглому, крепкому ребёнку или же человеку, который был упрямым и выносливым, как молодой верблюд.

Суффикс «-ев» указывает на русскую адаптацию фамилии по патронимической модели. В казахской и других тюркских средах фамилии часто образовывали от имени отца, прибавляя окончание -ев/-ова при записи в русских документах. То есть Ботакараева — это, скорее всего, «дочь (или жена) Ботакара». Мужской вариант — Ботакараев. Фамилия бытует преимущественно в Казахстане, а также среди карачаевцев и балкарцев, где имя Бота (Ботай) встречается как личное, а «кара» — частый компонент сложных имён, придающий оттенок уважения или силы.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на «-ов» от чисто русских имён, здесь мы видим прямой перенос тюркского антропонима без дополнительного суффикса принадлежности (вроде -ин). Это типично для регионов, где фамилии массово оформляли в XIX–XX веках по упрощённой схеме: брали имя отца и приписывали русское окончание. Сословно носители фамилии, вероятно, относились к кочевникам или сельским жителям, а сама основа не связана с ремеслом или должностью — это чисто личное прозвище, ставшее родовым. Других версий происхождения, кроме тюркской, у фамилии нет — славянские корни здесь отсутствуют.