Фамилия Ботика — редкий случай, когда окончание -а не указывает на женский род, а является частью мужской фамилии. В русской ономастике такие фамилии обычно имеют нерусское или искусственное происхождение, но здесь возможна и чисто славянская модель.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Ботик. В русских говорах «ботик» — это не только уменьшительное от «бот» (лодка), но и диалектное название обуви: ботики, боты. Прозвище могли дать сапожнику, кожевнику или человеку, который носил приметную обувь. Менее вероятно, но возможно и происхождение от имени Бот (сокращение от Богдан, Борис или Боян) с суффиксальным наращением -ик: Ботик — Ботика.

Фамилия образована по модели, характерной для украинских и белорусских фамилий: усечение суффикса -енк- или -ук- (Ботенко — Ботика), либо через форму родительного падежа от прозвища Ботик («чей? — Ботика»). Встречается она преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи, особенно в Подолье и на Волыни. В современной России фамилия крайне редка, что говорит о её локальном бытовании.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Ботов, Ботин), то Ботика стоит особняком: она сохранила исходное прозвище почти без изменений. Суффикс -ик в фамилиях обычно указывает на «младшего» или «ученика» (как в фамилиях Кузнечик, Плотник), так что предок мог быть подмастерьем у мастера по имени Бот или Ботик. Точную версию без архивных записей не установить, но ясно одно: фамилия не случайна и не придумана в канцелярии — она выросла из живого прозвища.