Фамилия Ботушан — редкий пример, где восточное имя и местный суффикс сплелись в одну форму. В основе фамилии лежит мужское имя Бота. В переводе с тюркских языков оно означает «дитя». Таким именем родители нарекали долгожданного, вымоленного ребёнка — и это самая вероятная версия происхождения.

Формант -ан в фамилии Ботушан — типичный для армянской ономастики суффикс, который первоначально означал «из рода такого-то». То есть Ботушан — «из рода Бота». Схожие модели встречаются и у других народов Закавказья и Ближнего Востока, поэтому фамилия могла закрепиться в среде, где армянский суффикс наложился на тюркское имя.

Существует и альтернативная, но менее правдоподобная версия: связь с нарицательным «ботуши» — «болгарский сапог». Согласно этой гипотезе, основатель рода мог заниматься пошивом или продажей такой обуви. Однако слово «ботуши» не даёт суффикса -ан в значении принадлежности, поэтому версия с прозвищем по ремеслу слабее: имя Бота встречается в источниках чаще, чем ремесленное прозвище с таким корнем.

Географически фамилия Ботушан тяготеет к регионам, где пересекались армянские и тюркские традиции именования: Закавказье, Северный Кавказ, юг России. Встречается она нечасто, что делает её любопытным объектом для семейного поиска — носители такой фамилии могут проследить род до конкретного предка по имени Бота, жившего несколько поколений назад.