Фамилия Божибина — редкий пример, где за основу взято не имя, не профессия, а прозвище, образованное от прилагательного «божий». Если смотреть на окончание, это типичная женская форма от фамилии Божибин, которая закрепилась за женщинами в документах или передалась по материнской линии. В русской традиции фамилии на -ин чаще всего указывали на принадлежность: «чей?» — «Божибин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Божиба или Божиб.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища Божиба. В говорах слово «божиба» могло означать «божба», то есть клятва именем Бога, или же относилось к человеку, который часто поминал Бога всуе — «божится» без дела. Второй вариант: прозвище давали набожному, богомольному человеку, которого в округе называли «божий человек». Здесь суффикс -б- в основе необычен: он мог возникнуть из сокращения более длинного прозвища (например, от «Богом данный» — Богдан, но с усечением) или как диалектная форма.

Географически фамилия Божибина встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. В этих краях слово «божиба» фиксировалось в местных говорах именно в значении «клятва» или «божба». В дореволюционных переписях такие фамилии нередко давали крестьянам, которые выделялись привычкой божиться при каждом слове, — прозвище было скорее бытовым, чем религиозным.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия связана с именем Божиба — гипотетической формой от Богдан или Божеслав. Однако имя Божиба не встречается в святцах и не было распространено, поэтому прозвищная версия остаётся основной. Фамилия Божибина — живой след народной речи, где слово «божиться» перешло в родовое имя.