Фамилия Божилина — женская форма, мужской вариант — Божилин. На первый взгляд корень «бож-» наталкивает на мысль о связи с Богом, но в русских фамилиях этот корень редко указывает на прямое отношение к религии. Чаще всего он восходит к личному имени или прозвищу.

Самая вероятная версия — происхождение от нецерковного имени Божила. В древнерусской традиции такие имена давали как пожелание: «будь мил Богу», «живи с Богом». Имя Божила встречается в документах XV–XVI веков, например, в новгородских и псковских грамотах. От него через притяжательный суффикс -ин образовалась фамилия: Божила → Божилин, то есть «сын Божилы». Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов мужского рода на -а или -я.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с географическим названием. В России есть несколько деревень с названием Божилино (например, в Костромской и Вологодской областях). Переселенцы из таких мест получали прозвище по названию деревни, которое затем закреплялось как фамилия. В этом случае Божилин — «выходец из Божилина».

Третья, самая редкая гипотеза — прозвище Божила могли дать человеку набожному, часто ходящему в церковь или постящемуся. Но в ономастике такие «религиозные» прозвища встречаются реже, чем имена-обереги.

Фамилия Божилина не относится к числу дворянских или широко известных. Она бытует преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Ярославской и Костромской областях. По данным переписей, Божилины встречаются и среди крестьян, и среди мещан — сословной привязки у фамилии нет.

Интересная деталь: фамилия Божилин (и Божилина) легко путается с фамилией Божинов, образованной от имени Божин (уменьшительное от Богдан). Но суффиксы разные, и корни у них не пересекаются — Божилин идёт от Божилы, а Божинов — от Божина.