Фамилия Божилин образована от прозвища или нецерковного имени Божила. Основа здесь — корень «бог-» с уменьшительно-ласкательным суффиксом «-ил(а)». В древнерусском языке это типичная модель для личных имён: подобно тому, как от «милый» образовали Милила, а от «славный» — Славила, так от слова «бог» возникло имя Божила. Называя так ребёнка, родители, скорее всего, желали ему божественного покровительства или видели в нём «божьего человека» — кроткого, смиренного.

Самый надёжный способ отличить эту фамилию от других — суффикс «-ин». Он указывает на принадлежность: Божилин — это «сын Божилы» или «из рода Божилы». Такие фамилии на «-ин» в русской традиции обычно получали люди, чьи отцы носили имя или прозвище, заканчивающееся на -а/-я. Это характерно для северных и центральных областей России, где «-ин» был основным патронимическим суффиксом, в отличие от южных регионов, где чаще использовали «-ов».

Стоит учесть и другую, менее вероятную, версию. В некоторых говорах «божила» могли называть богомольного, набожного человека или, наоборот, того, кто часто поминал Бога всуе. Но первичным всё же остаётся личное имя Божила, которое встречается в старых документах. Например, в новгородских и псковских писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне с таким именем. Фамилия Божилин — не священническая, а крестьянская или посадская. Духовенство чаще получало фамилии на -ский, поэтому предки Божилиных были, скорее всего, простыми земледельцами или ремесленниками.

Однокоренных фамилий немного. Божилов, Божин, Божков — все они восходят к тому же корню, но через разные суффиксы. Божилин стоит особняком благодаря редкой основе на «-ила», что делает её более древней по типу образования, чем большинство «божественных» фамилий.