Фамилия Божидомова — женская форма фамилии Божидомов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Божидом. В основе лежит словосочетание «Божий дом»: так на Руси называли церковь, богадельню, а в некоторых регионах — скудельницу, то есть общую могилу для странников и безродных. Прозвище Божидом мог получить либо человек, живущий при храме и присматривающий за ним (сторож, пономарь, звонарь), либо тот, кто работал при богадельне или скудельнице — хоронил умерших безродных. Второе значение было особенно распространено в северных и центральных губерниях, где «божидомом» называли человека, нанятого общиной для погребения нищих и казнённых. Эта работа считалась богоугодной, но тяжёлой и социально низкой — к ней относились с уважением, но сторонились.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Божидома». Фамилия могла закрепиться за потомками человека, носившего это прозвище. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания крестьян и посадских с прозвищем Божидом, но массовой фамилия не стала — она редкая и локальная. Географически Божидомовы чаще всего фиксируются в старых документах по Ярославской, Костромской и Вологодской губерниям — там, где традиция «божидомов» (могильщиков при скудельницах) сохранялась дольше всего.

В написании фамилии нет вариативности: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Божидо́мов. Встречающийся в интернете вариант Божидомо́в — ошибочный, он ломает внутреннюю логику слова (Божий дом, а не дом Божи). Поскольку фамилия недворянская и не попала в родословные книги, её носители в подавляющем большинстве — потомки крестьян или мещан, и никакой другой социальной истории, кроме прозвищной, у неё нет.