Фамилия Божедомов — одно из тех редких русских прозвищных имён, которое напрямую отсылает к социальной и бытовой истории Древней Руси. В основе фамилии лежит прозвище Божедом. Это слово зафиксировано в «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля сразу в трёх значениях. Первое — «богадельня, дом, где содержатся сироты, подкидыши, безродные». Второе, характерное для говора москвичей и туляков, — «староста убогого дома, богадельни». Третье, зафиксированное у астраханцев, — «староста на кладбище, могильщик». В Москве божедомами называли служителей Убогого (Божьего) дома — морга, которые собирали с улиц неопознанных мертвецов.

Скорее всего, прозвище Божедом относилось к «профессиональным» именованиям: оно прямо указывало на род занятий человека — смотрителя за сиротами, кладбищенского сторожа или служителя при морге. Однако возможна и другая версия: так могли прозвать сироту, который воспитывался при божедоме — богадельне или убогом доме. В любом случае, прозвище закрепилось за человеком, чья жизнь была тесно связана с этим учреждением.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Божедом добавили типичный русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). То есть Божедомов — буквально «сын Божедома» или «потомок Божедома». Фамилия недвусмысленно говорит о социальном статусе предка: он не принадлежал к знати, а происходил из среды, близкой к церковному причту, городской бедноте или людям, занятым погребением и призрением. В отличие от многих фамилий, где корень со временем стёрся, Божедомов сохранил почти прозрачную этимологию — и это его главная ценность для историка.