Фамилия Брагинцева образована от прозвища Брагинец, которое, скорее всего, указывало на ремесло предка. Основа здесь — слово «брага», старинный русский слабоалкогольный напиток, что-то среднее между квасом и пивом. Владелец такого прозвища мог быть винокуром, пивоваром или торговцем хмельным зельем. В русских говорах слово «брага» имело и переносное значение — так могли назвать любителя выпить или человека, который варил брагу для свадеб и праздников. Модель образования фамилии через суффикс -ец и последующий -ев/-ов типична для прозвищ, указывающих на занятие или характерный признак: Брагинец — «тот, кто имеет отношение к браге», а Брагинцева — «дочь (или жена) Брагинца».

Впрочем, есть и другая версия: фамилия могла возникнуть от топонима Брагино. Таких деревень и сёл в России несколько — например, в Ярославской и Псковской областях. В этом случае предок был просто выходцем из Брагина, а прозвище Брагинец закрепилось за ним по месту прежнего жительства. Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — профессиональная — выглядит чуть убедительнее, потому что в основе лежит конкретное занятие, а не географическая привязка, которая могла быть и случайной.

Суффикс -ин в окончании фамилии указывает на принадлежность: Брагинцева — это «чей?» Брагинца, то есть жена или вдова. В русской традиции такие формы закрепились за женщинами, в то время как мужской вариант — Брагинцев. В документах XVII–XVIII веков фамилия встречается в разных написаниях: Брагинцов, Брагинцев, Брагинцова — путаница в суффиксах была обычным делом из-за живой речи и неграмотности писцов. Сегодня фамилия нередкая, особенно в центральных и северных областях России, где брага была традиционным напитком.