Фамилия Браганцева — женская форма, мужская — Браганцев. В её основе лежит прозвище Браганец, которое образовано от слова «брага» — старинный хмельной напиток, нечто среднее между пивом и квасом. Слово это общеславянское, но в русских говорах имело и переносные значения: «пьяница», «гуляка», а в некоторых диалектах — «медлительный», «вялый» человек (по аналогии с тем, как бродит брага). Так что прозвище могло относиться либо к любителю выпить, либо к человеку флегматичного нрава.

Суффикс -ан- в основе Браган- указывает на принадлежность к определённому типу или свойству (ср. «горлан», «толстян»). Это нередкая модель для русских прозвищ. Далее фамилия оформлена патронимическим суффиксом -ев (вместо более частого -ов: Браганов тоже существует), что объясняется фонетически: после мягкого согласного [н'] в форме Браганец закономерно появляется -ев.

Интересно, что фамилия Браганцев встречается в основном в южнорусских и центральных регионах — в Воронежской, Тамбовской, Рязанской областях. Это зона, где слово «брага» было в ходу, а напиток варили в каждом доме. В северных говорах его чаще называли «сусло» или «пиво», поэтому там фамилия редка.

Встречается и вариант написания через «о» — Брагонцев, но он связан уже с другим корнем: «брог» (укромное место, овраг) или диалектным «брога» (бродяга). Однако для формы Браганцева исходное «брага» — самая прямая и логичная версия. Никаких дворянских корней у фамилии нет: это типичная крестьянская или посадская фамилия, возникшая в XV–XVII веках, когда закреплялись прозвища по бытовым чертам.