Фамилия Браганцев — редкий случай, когда за основу взято не имя, не ремесло и не внешность, а слово, обозначающее скорее всего брань или ссору. В её основе лежит древнерусское слово «брага», но не в значении хмельного напитка, а в устаревшем смысле «ссора, перебранка, шум». От него образовалось прозвище Браган — сварливый человек, любитель покричать или затеять спор. Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Браганцев буквально значит «сын Брагана» или «из рода Брагана».

Модель образования проста: прозвище Браган + типичный русский притяжательный суффикс -ев (после мягкой согласной). Окончание -цев возникло из-за того, что в говорах фамилии на -ев нередко переходили в форму на -цев: Браганов → Браганцев. Это не ошибка, а естественное фонетическое изменение, характерное для северных и центральных областей России.

Ономаст Борис Унбегаун в своём труде «Русские фамилии» относит подобные модели к разряду прозвищных, образованных от слов, обозначающих свойства характера или поведения. Словарь древнерусских прозвищ фиксирует корень «браг-» именно в значении «ссора» — это подтверждает, что речь не о напитке, а о человеке с вздорным нравом.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южнорусских областях, особенно в бывшей Курской и Орловской губерниях. Там же бытуют однокоренные фамилии Брагин, Браганов, Брагун — все они восходят к тому же корню. Социально предки носителя фамилии скорее всего были крестьянами или мещанами: прозвища, данные по характеру, чаще закреплялись в низших сословиях, где не было строгой фиксации фамилий до XIX века.

Встречается и альтернативная версия — от слова «брага» как напитка, то есть прозвище мог получить пивовар или любитель хмельного. Но она слабее: для обозначения ремесленника по изготовлению браги в русском языке существовали более прямые слова — «браговар», «бражник». Прозвище Браган в значении «ссорщик» документально засвидетельствовано в актах XVI–XVII веков, что делает эту версию основной.