Фамилия Браганец — один из тех случаев, когда модель образования говорит о происхождении больше, чем корень. В отличие от распространённых фамилий на -ов и -ин, суффикс -ец в восточнославянской традиции указывает на человека по месту жительства или по характерному занятию: «браганец» — тот, кто имеет отношение к браге, варит её или продаёт. Такая словообразовательная схема типична для украинских, белорусских и южнорусских говоров, где суффикс -ец активно использовали для обозначения ремесленников.

Прозвище Брага, лёгшее в основу фамилии, восходит к существительному «брага» — хлебный напиток, иногда больше похожий на квас. В современных говорах брагой нередко называют любителя хмельного, но в старину это слово имело прямое профессиональное значение: человек, который занимается изготовлением и продажей браги. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминаются Амвросий Брага, холоп (1594 год, Новгород), и Брага Огарков Симанский (1571 год). Там же встречаем Ивана Брагина, крестьянина (1502 год, Новгород), и Брагиных — посадских людей XVII века из Тотьмы. Эти записи показывают, что прозвище было известно в разных слоях общества и постепенно закреплялось как наследственное имя.

Фамилия Браганец встречается реже, чем Брагин или Брага, и несёт отпечаток региональной диалектной нормы. Её носители, скорее всего, происходят из западнорусских или украинских земель, где суффиксальная модель на -ец была особенно продуктивной. В отличие от фамилий на -ов, которые часто фиксировали принадлежность отцу или главе семьи, Браганец прямо называет человека по его занятию — «тот, кто делает брагу».