Фамилия Брагонец — редкий случай, когда прозвище не затерялось в веках, а сохранилось почти в первозданном виде. Её основа — слово «брага» (домашнее хмельное пиво, которое варили на Руси повсеместно). Суффикс «-онец» — нестандартный для русских фамилий, он скорее характерен для западнославянских языков (сравните поляка, белоруса или украинца с суффиксом «-ец»). «Брагонец» буквально означает «тот, кто связан с брагой»: либо варил её, либо торговал, либо просто был известен как любитель этого напитка.

Словообразовательная модель здесь проста: от нарицательного «брага» через прозвище Брагоня (или Брагонец) получилась фамилия. Суффикс «-ец» в русских фамилиях встречается реже, чем «-ов» или «-ин», и часто указывает на прозвищное происхождение: так называли человека по характерному занятию или привычке. В данном случае — безошибочная привязка к древнему промыслу бражничества.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи — Украине, Белоруссии, югу России. Там слово «брага» было в ходу, а суффикс «-ец» встречается чаще, чем на севере. Носитель фамилии Брагонец мог быть потомком крестьянина-пивовара или корчмаря, который держал постоялый двор с хмельным угощением. В документах XVIII–XIX веков такие прозвища нередко закреплялись за людьми, чья работа была на виду у всей округи.

Споров о происхождении почти нет: версия с брагой — единственная убедительная. Альтернативные гипотезы (например, от редкого имени Брагон или от географического названия) не подтверждаются ни словарями, ни реальной топонимикой. Фамилия осталась в тени более массовых «браг»-фамилий (Брагин, Бражников), но именно своей редкостью и прозрачной этимологией она интересна.