Фамилия Брагонина — женская форма от Брагонин, и её редкость сразу бросается в глаза. В отличие от массовых фамилий на -ов или -ский, здесь работает модель «прозвище + суффикс -ин», типичная для северных и центральных областей России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Брагонин — значит «сын (или потомок) Брагони». А вот что такое «Брагоня» — вопрос, на который нет одного ответа, и это делает фамилию особенно интересной.

Самая вероятная версия связывает основу с диалектным словом «брага» — домашнее хмельное пиво, популярное в крестьянском быту. Брагоней могли прозвать любителя этого напитка, того, кто его варил или торговал им. В русских говорах слово «брагонить» иногда означало «пить брагу» или «пировать», так что прозвище могло относиться к человеку весёлому, не чуждому застолья. Менее распространённая гипотеза выводит корень из личного имени Брага — краткой формы от Братислав или Бранимир, но для русской ономастики это редкость, такие имена больше характерны для южнославянских языков.

Географически фамилия Брагонин встречается спорадически, без выраженного гнезда. В дореволюционных записях её можно найти в переписях Вологодской и Костромской губерний — как раз там, где брага была обычным деревенским напитком, а суффикс -ин широко использовался. Социальный контекст ясен: предки были крестьянами или посадскими людьми, фамилия образовалась от уличного прозвища, а не от дворянского титула.

В написании стоит обратить внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на второй слог — БрагОнин, но в некоторых регионах могло сместиться на первый. Встречаются и варианты Брагонин — с двойным «н» в суффиксе, что бывает при записи от руки, но это не меняет смысла. Однокоренные фамилии — Брагин, Брагов, Брагонин — все они восходят к той же основе «брага», но каждая со своей суффиксальной историей.