Фамилия Брательникова — женская форма мужской фамилии Брательников, и её основа необычна: в русском языке почти нет слов с корнем «братель-» в прямом значении. Самая вероятная версия — происхождение от слова «брательник», которое в диалектах (особенно южнорусских и украинских) означало «двоюродный брат» или «племянник». Иначе говоря, Брательников — это не сын человека по прозвищу Братель, а потомок того, кого в семье называли «брательником»: младшего родственника, которого воспитывали как брата, или просто близкого, почти родного человека.

Суффикс -ов- в основе типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ на -ник: как Пчельников (от пчельник) или Конюхов (от конюх), так и Брательников от «брательник». Модель образования показывает, что фамилия могла закрепиться в крестьянской или мещанской среде, где прозвища часто давали по родственным связям. В отличие от фамилий на -ский, которые указывали на владение землёй, Брательниковы — люди из простонародья, и их фамилия говорит не о профессии, а о месте в семейной иерархии.

Интересная деталь: фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской, где диалектное «брательник» было в ходу. В старых переписях XVII–XVIII веков она почти не фиксируется — скорее всего, оформилась поздно, в XIX веке, когда крестьянам начали массово давать фамилии по прозвищам. Редкость фамилии (в современных телефонных справочниках — не более нескольких сотен носителей) подтверждает её локальный характер.

Есть и альтернативная, но слабая версия: связь с глаголом «брататься» — тогда Брательников мог быть потомком человека, который участвовал в обряде побратимства. Однако в русской ономастике фамилии от таких глаголов образуются через суффикс -ин (Братанов, Братанин), а не -ов, поэтому версия с «брательником» как родственником убедительнее.