Фамилия Брунков — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, пришло в русский язык из немецкого или польского, а не из славянской лексики. В основе лежит корень «брун-», который восходит к немецкому «braun» (коричневый, бурый) или польскому «brunatny». Так могли прозвать человека за смуглую кожу, тёмные волосы или за то, что он носил одежду из некрашеного сукна — бурого цвета. В немецком языке слово «Braun» было широко распространено как прозвище и фамилия, а в русской среде оно превратилось в Брун, Брунов, Брунков.

Модель образования фамилии проста: суффикс -ов- (в форме Брунков) указывает на принадлежность: «сын Брунка». А вот суффикс -к- в основе (Брун-ок) — уменьшительный, то есть Брунком на Руси называли не самого человека, а его потомка или младшего родственника того, кого звали просто Брун (или Брунко). Такая двойная суффиксация — признак того, что фамилия сложилась не в боярской, а скорее в крестьянской или мещанской среде, где прозвища часто передавались с уменьшительным оттенком.

Географически фамилия Брунков тяготеет к западным и северо-западным регионам России, а также к Поволжью — зонам активных контактов с немцами-колонистами и поляками. Встречается она нечасто, и её носители — это, вероятно, потомки либо обрусевших немецких мастеров (пивоваров, ремесленников), либо крестьян, получивших прозвище за внешность. Второй вариант — происхождение от имени Брун, которое могло быть сокращением от Брунгильда или Бруно, но в русском быту это имя почти не встречалось, так что версия с прозвищем по цвету выглядит убедительнее.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Брунов, Брунцев, Брунс — показывает, что Брунков выделяется именно русским суффиксом -к-, который делает фамилию более «домашней» и менее «иностранной». Если Брунов мог быть просто «сыном Бруна», то Брунков — это «сын маленького Бруна» или «потомок того, кого в семье звали Брунко». Такая деталь указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где прозвища передавались в уменьшительной форме, что типично для русских деревень XVII–XVIII веков.