Фамилия Брункова — типичный пример женской формы от фамилии Брунков, которая, в свою очередь, имеет «географическую» природу, а не прозвищную или профессиональную. Скорее всего, она образована от названия населённого пункта. В славянской ономастике, особенно в чешской и словацкой, существует множество топонимов с корнем «Брун-»: Брунов, Брунка, Брунки. Человек, переехавший из такого места, получал прозвание «Брунковский» или «Брунков», а его жена или дочь — «Брункова». В русской среде такая модель (суффикс -ов/-ев) чаще давала фамилии по отцу, но здесь мы видим, что основа не имя, а место.

Менее вероятна, но не исключена версия от прозвища. В диалектах слово «брун» могло означать либо «бурый» (оттенок цвета), либо «ворчун» (от глагола «брунчать» — бормотать, ворчать). Однако фамилии на -ков, образованные от таких прилагательных, обычно выглядят иначе — например, Брунов (от Брун) или Брункин (от Брунька). Форма Брунков с суффиксом -ов- и ударением на первом слоге (Бру́нков) сильнее тяготеет к топонимическому происхождению.

Интересная деталь: фамилия Брункова встречается не только в России, но и в Чехии, где она распространена как женский вариант к Брунек или Брунка. В чешской традиции суффикс -ова — стандартное окончание для женских фамилий. Поэтому носительница фамилии Брункова в России может иметь чешские или словацкие корни, либо её предки были выходцами из регионов, где такие модели бытовали (например, из Галиции или Волыни). Географически в России фамилия чаще всего фиксируется в западных и центральных областях, что косвенно подтверждает миграционный след.

Словообразовательный разбор прост: основа «Брунк-» (от Брунко, Брунек или топонима) плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Окончание -а — чисто грамматическое, женский род. Если у вас есть сведения о месте происхождения семьи, стоит поискать на картах Чехии или Словакии деревни Брунка, Брунки или Брунов — вероятно, оттуда и пошла эта фамилия.