Фамилия Бубекова по своему происхождению — типичная русская фамилия, образованная по модели «основа + суффикс -ов/-ев». Суффикс указывает на принадлежность: Бубековы — это потомки человека по имени или прозвищу Бубек. В таком виде фамилия закрепилась в русской среде, хотя её корни уходят в тюркские языки.

Основа фамилии — имя Бубек, которое, скорее всего, сложное. Первая часть «бу» в тюркских языках может означать «то, что есть» или «этот», а вторая — «бек» («князь», «повелитель», «господин»). Таким образом, имя Бубек осмыслялось как «тот, кто является беком» или «этот бек». Родители, называя так сына, желали ему стать сильным, властным мужчиной, главой рода. Это пожелание-оберег, распространённый в тюркской антропонимии.

Модель «Бубеков» (с ударением, вероятно, на втором слоге) — это уже русское патронимическое окончание. В тюркских языках фамилии такого типа не образуются: там сохранилось бы имя Бубек без суффикса или с другими аффиксами. Значит, предок носителя фамилии — русский или обрусевший человек, которого в документах записали как «Бубеков сын» или просто «Бубеков».

Фамилия редкая. Встречается в основном на юге России и в Поволжье — в зоне давних контактов с тюркскими народами. По сословной принадлежности Бубековы могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми (например, казаками или однодворцами), но точных данных на этот счёт нет. Одно можно сказать уверенно: фамилия сохранила память о тюркском имени, которое в русском быту почти исчезло.