Фамилия Бубернак — редкая и структурно необычная для русского языка. Её основа и суффикс сразу выдают нерусское, скорее всего западнославянское или еврейское происхождение. В русской ономастике фамилии на -ак чаще всего украинские или белорусские (Ковальчук, Гончарук), но здесь корень «Буберн-» не имеет очевидных славянских параллелей. Если отбросить суффикс, остаётся основа, которая может восходить к немецкому или идишскому слову «Buber» — в идише это «мальчик», «парень», а в немецком — ещё и диалектное «крестьянин», «мужик». Суффикс -ак в таком случае мог быть добавлен на восточнославянской почве, чтобы адаптировать прозвище или фамилию переселенца.

Версия с еврейским корнем выглядит правдоподобной: фамилии типа Бубер, Буберман известны в еврейской среде, а Бубернак могла возникнуть как патроним (сын Бубера) или как прозвище человека, связанного с этим именем. В пользу этого говорит и то, что фамилия почти не встречается в исторических российских переписях крестьян и мещан — её нет в распространённых списках дворянства и купечества. Это указывает на позднее появление в Российской империи, вероятно, в XIX веке, когда еврейское население получало фамилии по указу 1804 года.

Вторая гипотеза — происхождение от польского или украинского прозвища, связанного с глаголом «буберити» (бормотать, ворчать) или диалектным «бубер» (толстяк, увалень). Но такие корни редки и не дают устойчивой словообразовательной цепочки. Скорее всего, перед нами фамилия-гибрид: западный корень, обработанный восточнославянским суффиксом. Географически Бубернаки могли жить на территории бывшей Галиции, Волыни или в черте оседлости, откуда потом разъехались.

По сословному составу — без данных. В дореволюционных справочниках фамилия почти не фиксируется, что делает её типичным примером «негромкой» фамилии, которую носили люди без особого социального статуса. Сегодня она встречается единично, в основном в России и странах бывшего СССР, и не имеет известных носителей в публичном поле. Это не делает её менее интересной для этимолога: именно такие фамилии — живые свидетельства миграций и языковых контактов.