Фамилия Бубер — относительно редкая в русском контексте, и её происхождение напрямую связано с немецким языком. В основе лежит слово «Bube», которое в немецком имело несколько значений. Самое распространённое — «мальчик» или «ученик», а также «слуга» или «батрак». Таким образом, прозвище Бубер могло указывать либо на молодого человека, подмастерье, либо на человека, выполнявшего роль слуги. В средневековой Германии словом «Bube» называли и оруженосца, что добавляет прозвищу возможный социальный оттенок.

Менее очевидная, но тоже возможная версия связывает фамилию с тем же корнем в значении «сын». В этом случае Бубер — это не характеристика занятия, а указание на родство: «сын такого-то». Такая модель образования прозвищ от семейного статуса встречается во многих культурах, хотя для немецкой ономастики она не является основной.

В русском языковом пространстве фамилия фиксируется в документах XX века. Например, в Книге памяти Республики Беларусь упоминается Бубер Макар Петрович, 1901 года рождения, из деревни Радьковичи Логойского района Минской области — это подтверждает бытование фамилии среди восточнославянского населения.

Самый известный носитель фамилии — Мартин Бубер (1878–1965), философ-экзистенциалист и теоретик сионизма. Его философский метод отличался особым подходом: будучи учеником Вильгельма Дильтея, он с юности погружался в мистические традиции разных религий, стремясь «вжиться» в чужой религиозный опыт. Эта практика во многом определила его учение о диалоге «Я — Ты».

С точки зрения словообразования, фамилия представляет собой чистую основу без славянских суффиксов (-ов, -ин), что типично для фамилий, заимствованных из западноевропейских языков. В русской среде такие фамилии часто оставались неизменными, передаваясь в той форме, в которой были записаны.