Фамилия Бубикова — женская форма от Бубиков, и её разбор стоит начать с неочевидного на первый взгляд корня. В русских фамилиях суффикс -ик- обычно указывает на уменьшительную форму имени или прозвища: Буба → Бубик. Основа «Буб-» может восходить к древнерусскому прозвищу Буба — так в ряде говоров называли толстого, надутого или ворчливого человека (ср. «бубнить» — бормотать, ворчать). В словаре В. Даля «буба» — это ещё и детская игрушка, волчок, что добавляет версию о прозвище вертлявого, непоседливого человека.

Менее очевидная, но лингвистически более строгая версия — связь с именем Буб, сокращением от канонического имени Будимир или Будислав (славянские имена с корнем «буд-» — «будить, бодрствовать»). В этом случае Буба — ласкательная форма, а Бубик — уже вторая ступень уменьшения, как Ваня → Ванек. Тогда фамилия Бубиков — отчество второго порядка: «сын Бубика», то есть внук Бубы.

Фамилия редкая, и её география тяготеет к южнорусским и украинским землям, где суффикс -ик- в фамилиях встречается чаще, чем на севере. Встречаются варианты написания с одной «б» — Бубиков, что может быть следствием путаницы при записи или, наоборот, более старой формой (от «буба»). Сословной привязки нет: фамилия могла возникнуть и в крестьянской среде, и среди мещан, так как прозвище Буба не носило социальной окраски.

В ономастических справочниках фамилия не фигурирует в списках древних дворянских родов, что указывает на её позднее, бытовое происхождение — скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда фамилии массово закреплялись за крестьянами и посадскими людьми. Если искать однокоренные параллели, то ближайшая — фамилия Бубин, тоже от прозвища Буба, но без уменьшительного суффикса. Бубиков же звучит как «сын маленького Бубы» — именно этот оттенок уменьшительности и отличает её от более простых однотипных образований.