Фамилия Бубиков образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: Бубиков — буквально «сын Бубика» или «человек из рода Бубика». В основе лежит личное прозвище или неканоническое имя Бубик.

Корень «буб» или «бубн» в русских говорах чаще всего связан со звукоподражанием или с ударным музыкальным инструментом — бубном. Прозвище Бубик могли дать человеку шумному, говорливому, любителю побряцать или тому, кто играл на бубне. В некоторых диалектах «бубик» означало нечто маленькое и круглое, возможно, пухлого или круглолицего человека. Не исключена и версия происхождения от тюркского слова «буба» — дед, предок, но для фамилии на русской почте это менее вероятно: суффикс -ик скорее уменьшительно-ласкательный, чем заимствованный.

Интересная деталь: фамилия Бубиков встречается реже, чем её однокоренные «родственники» — Бубнов, Бубенцов или Бубенчиков. Это говорит о том, что прозвище Бубик было локальным, бытовавшим в узком кругу, возможно, в одной местности или даже в одной семье. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где диалектное слово «бубик» фиксировалось в речи.

Социально фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях носители фамилии Бубиков не принадлежали к знати, а были выходцами из податных сословий. Поскольку прозвище давалось по внешности или характеру, а не по профессии, предки Бубиковых могли заниматься любым ремеслом — от земледелия до мелкой торговли.

Споров вокруг происхождения фамилии немного: лингвистически она прозрачна, и единственная альтернатива — связь с уменьшительной формой имени Буба (от Борис или Будимир) — не выдерживает критики, так как имени Бубик в святцах и бытовой традиции не зафиксировано. Фамилия Бубиков — редкий, но яркий пример того, как звукоподражательное прозвище закрепилось в роду и дошло до наших дней.