Фамилия Бубыкин — один из тех случаев, где сразу бросается в глаза необычная основа. В русских фамилиях часто встречаются корни, восходящие к глаголам или прозвищам, и здесь, скорее всего, мы имеем дело с вариантом от «бубыкать» или «бубырить» — диалектных слов, означающих бормотать, говорить невнятно, ворчать. В говорах Вологодчины и Архангельской области «бубыка» — это молчун или, наоборот, тот, кто что-то неразборчиво бубнит под нос. Прозвище Бубыка могли дать необщительному человеку или, напротив, тому, кто постоянно что-то ворчал.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бубыкин — сын Бубыки. Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Интересно, что фамилия не получила распространения по всей России: она локализована в основном на севере и северо-востоке европейской части страны, особенно в бывших Вятской и Пермской губерниях. Это подтверждает её диалектное происхождение — южные говоры такого слова почти не знают.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем «буба» (дед, предок), но она слабая: для тюркского заимствования фамилия должна была бы звучать как Бубаев или Бубаков, а суффикс -ин в таких случаях встречается редко и обычно у русских, а не у татар или башкир. Поэтому прозвищное, диалектное объяснение остаётся основным.

Встречаются варианты написания Бубыкин и Бубикин — это результат «аканья» или просто ошибок писцов. В документах XVII–XVIII веков, когда крестьян вносили в ревизские сказки, писарь мог записать фамилию на слух, отсюда и колебания. Сегодня Бубыкины — это в основном потомки крестьян и ремесленников северных губерний, и фамилия остаётся редкой, не выходя за пределы нескольких сотен носителей.