Фамилия Будикенов — редкая и при этом прозрачная по происхождению. Её основа — календарное имя Будикен. Это одна из народных, бытовых форм крестильного имени Венедикт (от латинского «benedictus» — «благословенный»). В русской традиции имя Венедикт давали в честь святого Венедикта Нурсийского, основателя западного монашеского ордена, но в народе оно быстро обрастало сокращениями: Беня, Веня, а также Будикен, Будимир и даже Будила. Форма Будикен возникла, скорее всего, под влиянием глагола «будить» — народная этимология переосмыслила малопонятное имя как «тот, кто будит» или «пробуждающий».

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий: Будикенов — «сын Будикена» или «потомок Будикена». Такие фамилии в массе своей закрепились в XVI–XVII веках, когда крестьян и посадских людей начали вносить в переписные книги. Поскольку имя Будикен не было широко распространено, фамилия Будикенов встречается редко и имеет локальный характер. Вероятнее всего, она возникла в одном из северных или центральных регионов России, где бытовали подобные «будящие» имена (Будимир, Будила, Будяй).

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В казахском и башкирском языках есть слово «бүдік» (будик) — «горб» или «выпуклость». Если предположить, что фамилия образована от прозвища Будикен («горбатенький»), то суффикс -ов указывает на обрусение носителя. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, в тюркских языках прозвища с таким суффиксом редки, во-вторых, форма Будикен (а не Будик) явно тяготеет к славянской модели уменьшительных имён.

Географически фамилия Будикенов фиксируется в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о народном русском имени: именно в этих краях в XVII–XVIII веках оседали переселенцы из центральных губерний, приносившие с собой редкие календарные имена. Встречается также вариант написания Будикин — с заменой суффикса на -ин, что характерно для фамилий, образованных от имён на -а/-я (Будикя → Будикин), но в случае с Будикеновым ударение и окончание указывают на твёрдую основу.

Таким образом, с высокой долей вероятности Будикенов — это «сын благословенного», чей предок носил простонародную форму имени Венедикт. Фамилия не имеет аристократического происхождения: она из крестьянской или мещанской среды, где имена часто перекраивались на свой лад, а суффикс -ов закреплял родовую принадлежность.