Фамилия Будиков — одна из тех, где разбор начинается не с корня, а с суффикса. Суффикс -ик- указывает на то, что в основе лежит прозвище или нецерковное имя, оканчивающееся на -ик: Будик. Такая модель (основа на -ик + фамильный суффикс -ов) типична для восточнославянских фамилий, особенно распространённых на юге России и в Белоруссии. Она отличается от более частого варианта, когда фамилию образуют напрямую от полного имени: здесь сперва появилось уменьшительное или обиходное прозвище, а уже от него — фамилия.

Корень «буд-» в русских говорах имеет несколько значений. Самое очевидное — глагол «будить». Прозвище Будик могли дать человеку, который рано вставал, будил других на работу или, наоборот, был беспокойным, не давал спать. Вторая, более редкая версия, отсылает к диалектному слову «буда» — так в некоторых областях называли постройку, будку, а иногда и рудоплавильный завод или лесную сторожку. В таком случае Будик — человек, живший при буде или работавший на ней. Третья, менее вероятная, но встречающаяся в ономастике гипотеза — связь с литовским корнем «budėti» (бодрствовать, стеречь), что могло закрепиться в пограничных русско-литовских землях.

Географически фамилия Будиков тяготеет к южнорусским областям: Курской, Воронежской, Ростовской, а также встречается в Белоруссии. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от прозвища, а не от редкого профессионального термина: в крестьянской среде прозвища по поведению давали чаще, чем по специальности. Социальный состав носителей, судя по архивным данным XIX века, — преимущественно крестьяне и мещане, что типично для фамилий с таким суффиксом.

Стоит отметить, что фамилия Будиков не путает с однокоренной Будищев (от «будище» — место, где будили, то есть пахали целину) или с более редкой Будаков. Будиков стоит особняком: её основа — конкретное прозвище конкретного человека, а не географический или профессиональный термин. Это делает фамилию «личной» по своему происхождению: предок носителя, скорее всего, был известен в своей общине как Будик — либо за свой бодрый нрав, либо за привычку поднимать всех спозаранку.