Фамилия Будяненко — пример того, как украинская модель образования фамилий закрепила за потомками прозвище, связанное с конкретным ремеслом или местом. Основа здесь — прозвище Будян, а суффикс -енко указывает на прямое родство: «чей-то сын», «потомок Будяна». В украинской ономастике этот патронимический суффикс был самым массовым в XVII–XVIII веках, особенно в левобережных и южных землях.

Прозвище Будян, в свою очередь, восходит к слову «буда». В лексике восточных славян это слово имело несколько значений, и все они указывают на конкретный бытовой или хозяйственный контекст. «Буда» — это и любое строение, постройка, и торговая площадь, но самое характерное значение — поташный завод. На таких заводах из древесной золы вываривали поташ (щелочную соль), который шёл на производство стекла, мыла и в красильное дело. Промысел был трудоёмким, требовал артелей и специальных знаний, поэтому прозвище Будян могли дать либо владельцу такой буды, либо мастеру, работавшему на ней.

Менее вероятно, но возможно, что прозвище связано с местностью — селом или хутором с названием Буда, Будановка или Будянка. Таких топонимов много в Черниговской, Киевской и Полтавской областях. Тогда Будяненко — это человек, вышедший из Буды, то есть «будянский».

Фамилия Будяненко встречается преимущественно в центральных и восточных регионах Украины, что подтверждает её украинское происхождение. В России она редка и, скорее всего, появилась в результате миграций XIX–XX веков.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Будяк, Будько, Буденко, Буданов) показывает, что прозвище Будян — не самая частая основа. Это делает фамилию относительно редкой и более локальной: она могла сложиться в одной местности, где поташный промысел был развит особенно сильно, например, на Черниговщине или в бывшей Гетманщине.