Фамилия Букабукин — редкий случай, когда мы почти наверняка знаем, откуда она взялась, и это не связано с древним ремеслом или крестильным именем. Её основа — «букабука» — с большой вероятностью восходит к детскому или подражательному слову «бука». В русских говорах «букой» называли нелюдимого, угрюмого человека, а также мифическое пугало, которым стращали детей. Удвоение корня («бука-бука») в прозвище могло служить для усиления признака: не просто хмурый, а «самый настоящий бука».

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Если бы фамилия образовалась от прозвища «Бука» по правилам, мы получили бы Букин. Но в основе лежит двусоставное прозвище «Букабука», к которому добавили суффикс -ин, типичный для русских фамилий от существительных мужского рода на -а. То есть исходная форма — «Букабука», а Букабукин — «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Букабука.

Такая модель удвоения слогов встречается в народной речи для создания экспрессивных, часто шутливых или уничижительных прозвищ (сравните с фамилией Шишиморин). В ономастических трудах, например, у Б. Унбегауна, подобные случаи относят к «редупликации» — повтору основы для эмоциональной окраски. Носитель прозвища Букабука, скорее всего, был человеком с подчёркнуто мрачным нравом, которого в деревне за глаза дразнили с преувеличением.

Географически фамилия крайне редкая и не имеет выраженного «гнезда» расселения. Встречается единичными записями, что типично для прозвищ, возникших в одной конкретной семье и не распространившихся широко. Сословной привязки нет — такое прозвище могли дать и крестьянину, и мещанину, и отставному солдату.

Итог простой: Букабукин — это «сын того, кого дразнили Букабука». В основе — бытовая наблюдательность и склонность к меткому, немного грубоватому народному юмору. Никакой тайны, только живой язык.